轉錄是細胞中基因表現的基本過程之一。本實驗室應用基因突變、生物化學、及結構生物學等方法去了解轉錄過程中蛋白質之間和蛋白質與去氧核糖核酸的反應,藉由此研究可探討轉錄過程中轉錄複合體的結構及轉錄的調控機制。在真核細胞中第三型核醣核酸聚合酶負責轉錄轉運核糖核酸,第三型核醣核酸聚合酶轉錄系統以轉錄因子TFIIIA、TFIIIB、及TFIIIC 等幫助聚合酶辨認基因體中的驅動區及構築轉錄起始複合體。為解釋起始複合體的形成機制,本實驗室以酵母菌的蛋白質進行研究,使用定位光連結和氫氧自由基探針來探討起始複合體中蛋白質之間的反應。首先我們將非自然性胺基酸 p-Benzoyl-L-Phenylalanine(BPA) 表現於第三型核醣核酸聚合酶之次單位蛋白 C160、C128、C37、C53、C82、C34及轉錄因子TFIIIB的次單元蛋白Brf1、Bdp1。由於 BPA 可在紫外光下連結蛋白質。因此帶有BPA的蛋白質在紫外光照射後,可顯示此蛋白質之反應標的,藉由此實驗我們已得到第三型核醣核酸聚合酶的蛋白質反應網路,我們的成果顯示C37及C53與催化中心次單位蛋白C128反應,也與TFIIIB及 TFIIIC連結,另外我們也發現C82與C34與催化中心次單位蛋白C160反應。我們進一步以氫氧自由基化合物FeBABE定位連結至C37、C53及C82,藉由FeBABE所產生的定位導向自由基蛋白質斷裂,顯示C37、C53及C82於C128、C160的反應結構區域。我們的成果建立了第三型核醣核酸聚合酶起始複合體的反應模型,根據此模型解答了第三型核醣核酸聚合酶的次單位蛋白及轉錄因子如何於轉錄扮演重要功能。
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